タイトルをみて「おっ？」と思った方、すみません。そんな大それたものではありません。
楽儲けは通常、ディレクトリ毎に1ユニット（1サイト）を作成する形となります。
↑こんな形ですね。
で、トップドメインでもある
↑このＵＲＬにアクセスしても何も表示されません。通常は（笑
上記ＵＲＬを見てもらえればわかると思いますが、現在このドメインのＴＯＰには、簡単なＨＴＭＬをおいています。これは、ＦＴＰソフトを使って自前のＨＴＭＬをアップロードしただけです。
こ のＴＯＰページをしっかりとつくりこんで、それぞれのユニットにリンクを飛ばしていけば、より効率的に各ユニットを検索エンジンにインデックス化させてい くことができます。で、いまさりげなくそのＴＯＰページにリンクを飛ばしていますが、もちろんこれも効果があるからやっています（笑）。
よくわからないやーという方も、とりあえずはやっておいてください。この施工。
ある程度、ＨＴＭＬの知識が必要となりますが、なんてことはありません。1日二日参考書やネットで「ホームページ作成」とかで検索して出てきたサイトとにらめっこすれば、作れるようになると思います。
現 在、別ドメインでとある専門の楽儲けサイトを作成中です。ある程度形になってから公開しますが、ドメインも取得し、サーバーもレンタルしています。で、楽 儲けの無料版だと、いろいろと制約がめんどくさい（笑）ので、もう有料版に切り替えました。さっさと有料版に切り替えた理由は単純明快。すぐに元も取れる なとの手ごたえからです（笑）。
別に筆者は楽儲けの回し者ではありませんよ！おまけにアフィリエイト初心者です（←ここ重要）。
他にどんなツールがあるのかもあまり知らないので、比べる対象が無いからそう思ってるだけかもしれませんが、楽儲け、使いやすくてちゃんと儲けもでる、良いツールだと思います。なによりサポートが丁寧で親密なのがいいですね！